Het ecosysteem en de voedselketen in de Waddenzee is door uiteenlopende oorzaken aangetast. Het project Waddenmozaïek onderzoekt wat er nodig is voor herstel van de Waddenzeebodem.  Bijzonder is dat het project de natuurwaarden van het deel van de Waddenzee dat permanent onder water is in kaart brengt. Dat is nog niet eerder gebeurd.

De Rijksuniversiteit Groningen, het NIOZ Koninklijk Nederlandse Instituut voor Onderzoek der Zee en Natuurmonumenten zullen de komende vierenhalf jaar een groot onderzoek uitvoeren naar herstelmaatregelen van het bodemleven in de Waddenzee. Het onderzoek moet aantonen hoe er op grote schaal zeegras, schelpdieren en overige benthos  – een verzamelnaam voor bodemleven dat met het oog zichtbaar is –  terug kunnen keren in de Waddenzee. De kosten van het project, dat plaatsvindt op initiatief van Vereniging Natuurmonumenten, zijn bijna € 6,5 miljoen. Het Waddenfonds draagt ruim € 4 miljoen bij.

Praktijkproeven
In het kader van het onderzoek is een eerste meting uitgevoerd om precies vast te stellen hoe de zeebodem van de Waddenzee ervoor staat. Deze nulmeting wordt gebruikt om na een ingreep de veranderingen te kunnen vaststellen. Hiertoe wordt een groot aantal proeven uitgevoerd om uit te vinden welke herstelmaatregelen het beste werken. Daarbij wordt in gebieden, die afgesloten zijn voor de visserij, onder andere harde substraten op de bodem aangebracht zoals schelpengruisbanken, kiezels, stenen en kienhout, hout dat in veengebieden geconserveerd is. Bijzonder is dat voor dit doel ook blokken slib worden gebruikt die in de slibverwerking bij de Eems zijn gemaakt. Verder wordt onderzocht hoe de vestiging van nieuwe mossel- en oesterbanken gestimuleerd kan worden. Daarnaast wordt er ingezet op het herstel van zeegrasvelden. Onderzocht wordt wat de kritische vestigingsdrempels zijn voor zeegras.

Rijk bodemleven
De praktijkproeven moeten aangeven wát de beste maatregelen zijn voor een rijk bodemleven van de Waddenzee, waar volop schelpdieren, plankton en jonge vis leven en planten tot wasdom komen. De waddenbrede inventarisatie moet uitwijzen wáár de maatregelen het beste genomen kunnen worden. De beheerders kunnen de uitkomsten van het onderzoek aansluitend breed in de Waddenzee gebruiken om het bodemleven weer vitaal te krijgen.